| http://dbpedia.org/ontology/abstract
|
الريبوزيمات منزوعة الأكسجين (بالإنجليزية: … الريبوزيمات منزوعة الأكسجين (بالإنجليزية: Deoxyribozymes) وتسمى كذلك إنزيمات الدنا، دنازيمات أو حفاز الدنا، هي قليلات نوكليوتيد قادرة على أداء تفاعل كيميائي محدد وغالبا ما يكون تحفيزيا. وهي مماثلة في عملها للإنزيمات البيولوجية الأخرى مثل البروتينات والريبوزيمات (إنزيمات مكونة من الرنا). لكن عكس وفرة الإنزيمات البروتينية في الأنظمة البيولوجية واكتشاف الريبوزيمات البيولوجية في عقد 1980، لا توجد ريبوزيمات منزوعة الأكسجين معروفة طبيعية الظهور. لا يجب خلط الريبوزيمات منزوعة الأكسجين مع أبتمرات الدنا وهي قليلات نوكليوتيد ترتبط بشكل اختياري مع ربيطةٍ هدفٍ لكنها لا تحفز العملية الكيميائية التي تتلو الترابط. باستثناء الريبوزيمات، جزيئات الأحماض النووية داخل الخلايا تعمل أساسا كمخازن للمعلومة الوراثية نظرا لقابليتها على تشكيل أزواج قواعد متكاملة، وهذا يسمح بنسخ ونقل عاليي الدقة للمعلومة الوراثية. في المقابل جزيئات الحمض النووي محدودة كثيرا في قدرتها التحفيزية مقارنة بالإنزيمات البروتينية إلى ثلاثة أنواع من التآثرات: الترابط الهيدروجيني، وتناسق الآيونات الفلزية، وهذا بسبب عدد محدود من المجموعات الوظيفية لموحود الحمض النووي، البروتينات مبنية من أحماض أمينية مختلفة يمكن أن يصل عددها حتى العشرين وتحوي أنواعا مختلفة من المجموعات الوظيفية، في حين أن الأحماض النووية مبنية من أربعة قواعد نووية متماثلة الكيميائية. بالإضافة، جزيئات الدنا تعوز مجموعة الهيدروكسيل 2' الموجودة في الرنا وهذا يحد من الكفاءة الحفزية للريبومزيمات المنزوعة الأكسجين حتى بمقارنتها مع الريبوزيمات. فضلا عن ضعف الدنا الوراثي في النشاط الحفزي، قد يكون سبب النقص الواضح في الريبوزيمات منزوعة الأكسجين الموجودة طبيعيا هو البنية ثنائية السلاسل للدنا في الأنظمة البيولوجية والتي تحد من مرونتها الفيزيائية وقدرتها على تشكيل وهذا يحد بشكل كبير قدرة الدنا مزدوج السلاسل في العمل كمحفز، مع ذلك توجد عدة حالات معروفة لدنا بيولوجي منفرد السلاسل مثل: (msDNA)، بعض الجينومات الفيروسية وشوكة التضاعف المشكَّلَة أثناء تضاعف الدنا. الاختلافات الأخرى بين الدنا والرنا قد تلعب كذلك دورا في النقص البيولوجي للريبوزيمات منزوعة الأكسجين مثل: مجموعة الميثيل الإضافية لقاعدة نوكليوتيد الدنا ثيميدين مقارنة بقاعدة الرنا يوراسيل أو قابلية الدنا لاتخاذ الهيئة ب من اللولب المزدوج في حين أن الرنا يميل لاتخاذ الهيئة أ. مع ذلك تم إظهار أن الدنا يمكن أن يشكل بنيات لا يمكن للرنا تشكيلها وهذا يوحي - رغم الاختلافات الموجودة في البنيات التي يمكن أن يتخذها كل واحد منهما- بأن لا أحد منهما فطريا أكثر أو أقل حفزا من الآخر بسبب أنماط بنياتهما المحتملة.فزا من الآخر بسبب أنماط بنياتهما المحتملة.
, Deoksyrybozymy – jednoniciowe fragmenty DN … Deoksyrybozymy – jednoniciowe fragmenty DNA o długości około kilkudziesięciu nukleotydów, mające zdolność katalizowania reakcji chemicznych. W większości substratami dla DNA enzymów są kwasy nukleinowe, gdzie mamy do czynienia z reakcjami cięcia (poprzez hydrolizę bądź transestryfikację) lub ligacji. Nie wyczerpuje to jednak wszystkich możliwości. Znane są deoksyrybozymy mające zdolność modyfikacji aminokwasów, wykazując aktywność fosfatazy oraz kinazy, jak również takie, które sprzyjają reakcji tworzenia wiązania pomiędzy dwoma atomami węgla (reakcja Dielsa-Aldera). Ciekawym przykładem katalitycznych możliwości DNA jest zdolność użycia światła do naprawy (rozbicia) dimerów pirymidynowych, powstających na skutek ekspozycji na promieniowanie UV. W przeciwieństwie do fotoliaz, analogicznych enzymów białkowych, enzymy DNA nie wykorzystują dinukleotydu flawinoadeninowego (FADH) jako kofaktora. Ponadto niektóre deoksyrybozymy wykazują zdolności autokatalityczne, czego przykładem może być reakcja autofosforylacji, autoadenylacji z wytworzeniem wiązania 5’,5’-trifosforanowego (struktura analogiczna do czapeczki w mRNA) oraz autodepurynacji.do czapeczki w mRNA) oraz autodepurynacji.
, Deoxyribozymes, also called DNA enzymes, D … Deoxyribozymes, also called DNA enzymes, DNAzymes, or catalytic DNA, are DNA oligonucleotides that are capable of performing a specific chemical reaction, often but not always catalytic. This is similar to the action of other biological enzymes, such as proteins or ribozymes (enzymes composed of RNA).However, in contrast to the abundance of protein enzymes in biological systems and the discovery of biological ribozymes in the 1980s,there is only little evidence for naturally occurring deoxyribozymes.Deoxyribozymes should not be confused with DNA aptamers which are oligonucleotides that selectively bind a target ligand, but do not catalyze a subsequent chemical reaction. With the exception of ribozymes, nucleic acid molecules within cells primarily serve as storage of genetic information due to its ability to form complementary base pairs, which allows for high-fidelity copying and transfer of genetic information. In contrast, nucleic acid molecules are more limited in their catalytic ability, in comparison to protein enzymes, to just three types of interactions: hydrogen bonding, pi stacking, and metal-ion coordination. This is due to the limited number of functional groups of the nucleic acid monomers: while proteins are built from up to twenty different amino acids with various functional groups, nucleic acids are built from just four chemically similar nucleobases. In addition, DNA lacks the 2'-hydroxyl group found in RNA which limits the catalytic competency of deoxyribozymes even in comparison to ribozymes. In addition to the inherent inferiority of DNA catalytic activity, the apparent lack of naturally occurring deoxyribozymes may also be due to the primarily double-stranded conformation of DNA in biological systems which would limit its physical flexibility and ability to form tertiary structures, and so would drastically limit the ability of double-stranded DNA to act as a catalyst; though there are a few known instances of biological single-stranded DNA such as multicopy single-stranded DNA (msDNA), certain viral genomes, and the replication fork formed during DNA replication. Further structural differences between DNA and RNA may also play a role in the lack of biological deoxyribozymes, such as the additional methyl group of the DNA base thymidine compared to the RNA base uracil or the tendency of DNA to adopt the B-form helix while RNA tends to adopt the A-form helix. However, it has also been shown that DNA can form structures that RNA cannot, which suggests that, though there are differences in structures that each can form, neither is inherently more or less catalytic due to their possible structural motifs. In 2021, the DNAmoreDB database for cataloguing known deoxyribozymes was released.loguing known deoxyribozymes was released.
, Les DNAzymes, ou DNA enzyme ou déoxyribozyme, sont de courtes chaines d'ADN monobrins, synthétisées in vitro et utilisées en tant qu'outils de recherche ou en tant que futurs médicaments.
|
| http://dbpedia.org/ontology/thumbnail
|
http://commons.wikimedia.org/wiki/Special:FilePath/17E_%28Pb2%2B-selective%29_DNAzyme.png?width=300 +
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageExternalLink
|
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi%3Fcmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=14691255&dopt=Abstract +
, http://intl.pnas.org/cgi/content/full/101/1/65 +
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageID
|
1917477
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageLength
|
39599
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageRevisionID
|
1096083266
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageWikiLink
|
http://dbpedia.org/resource/Cost-effective +
, http://dbpedia.org/resource/Category:Chemical_kinetics +
, http://dbpedia.org/resource/Uranyl +
, http://dbpedia.org/resource/Diels-Alder_reaction +
, http://dbpedia.org/resource/Salt_%28chemistry%29 +
, http://dbpedia.org/resource/Ribonucleotide +
, http://dbpedia.org/resource/Point_mutation +
, http://dbpedia.org/resource/Serotonin +
, http://dbpedia.org/resource/Polymerase_chain_reaction +
, http://dbpedia.org/resource/Affinity_chromatography +
, http://dbpedia.org/resource/Phosphodiester_bond +
, http://dbpedia.org/resource/Systematic_evolution_of_ligands_by_exponential_enrichment +
, http://dbpedia.org/resource/Protein +
, http://dbpedia.org/resource/Category:DNA +
, http://dbpedia.org/resource/Ligand +
, http://dbpedia.org/resource/Thymine_dimer +
, http://dbpedia.org/resource/Ronald_Breaker +
, http://dbpedia.org/resource/Chemical_kinetics +
, http://dbpedia.org/resource/Hydrogen_bonding +
, http://dbpedia.org/resource/Virus +
, http://dbpedia.org/resource/Catalysis +
, http://dbpedia.org/resource/Ligase +
, http://dbpedia.org/resource/Gerald_Joyce +
, http://dbpedia.org/resource/Nucleobase +
, http://dbpedia.org/resource/DNA_replication +
, http://dbpedia.org/resource/Thymidine +
, http://dbpedia.org/resource/Ulcerative_colitis +
, http://dbpedia.org/resource/Complementarity_%28molecular_biology%29 +
, http://dbpedia.org/resource/Streptavidin +
, http://dbpedia.org/resource/Uracil +
, http://dbpedia.org/resource/Cofactor_%28biochemistry%29 +
, http://dbpedia.org/resource/Chemical_reaction +
, http://dbpedia.org/resource/Protein_tag +
, http://dbpedia.org/resource/Ribonuclease +
, http://dbpedia.org/resource/Porphyrin +
, http://dbpedia.org/resource/Adenylation +
, http://dbpedia.org/resource/Oligonucleotide +
, http://dbpedia.org/resource/A-DNA +
, http://dbpedia.org/resource/Bovine_serum_albumin +
, http://dbpedia.org/resource/Metalation +
, http://dbpedia.org/resource/Phosphate +
, http://dbpedia.org/resource/Scripps_Research_Institute +
, http://dbpedia.org/resource/Genetic_recombination +
, http://dbpedia.org/resource/Enzyme +
, http://dbpedia.org/resource/Methyl +
, http://dbpedia.org/resource/Enantiomeric_excess +
, http://dbpedia.org/resource/Postdoctoral +
, http://dbpedia.org/resource/Transcription_%28genetics%29 +
, http://dbpedia.org/resource/Error-prone_PCR +
, http://dbpedia.org/resource/DNA_computing +
, http://dbpedia.org/resource/Hydroxyl +
, http://dbpedia.org/resource/Category:Biomolecules +
, http://dbpedia.org/resource/Asymmetric_synthesis +
, http://dbpedia.org/resource/Chemoselectivity +
, http://dbpedia.org/resource/Endogeny_%28biology%29 +
, http://dbpedia.org/resource/Magnesium +
, http://dbpedia.org/resource/Nucleic_acid_tertiary_structure +
, http://dbpedia.org/resource/Primer_%28molecular_biology%29 +
, http://dbpedia.org/resource/Gene +
, http://dbpedia.org/resource/Nucleic_acid_double_helix +
, http://dbpedia.org/resource/Nucleotide +
, http://dbpedia.org/resource/Transesterification +
, http://dbpedia.org/resource/Coordination_complex +
, http://dbpedia.org/resource/RNA +
, http://dbpedia.org/resource/Lead +
, http://dbpedia.org/resource/RNA_world +
, http://dbpedia.org/resource/Turnover_number +
, http://dbpedia.org/resource/Cyclopentadiene +
, http://dbpedia.org/resource/PH +
, http://dbpedia.org/resource/Messenger_RNA +
, http://dbpedia.org/resource/DNA_nanowire +
, http://dbpedia.org/resource/Amino_acid +
, http://dbpedia.org/resource/Deglycosylation +
, http://dbpedia.org/resource/Specificity_constant +
, http://dbpedia.org/resource/Multicopy_single-stranded_DNA +
, http://dbpedia.org/resource/File:17E_%28Pb2%2B-selective%29_DNAzyme.png +
, http://dbpedia.org/resource/DNA-templated_synthesis +
, http://dbpedia.org/resource/Product_inhibition +
, http://dbpedia.org/resource/Gel_electrophoresis_of_nucleic_acids +
, http://dbpedia.org/resource/RNA_World +
, http://dbpedia.org/resource/Sodium +
, http://dbpedia.org/resource/Base_pair +
, http://dbpedia.org/resource/Oligonucleotide_synthesis +
, http://dbpedia.org/resource/Functional_group +
, http://dbpedia.org/resource/Organic_chemistry +
, http://dbpedia.org/resource/Bond_cleavage +
, http://dbpedia.org/resource/Category:Enzymes +
, http://dbpedia.org/resource/Nucleic_acid_hybridization +
, http://dbpedia.org/resource/Stacking_%28chemistry%29 +
, http://dbpedia.org/resource/Solid-phase_synthesis +
, http://dbpedia.org/resource/Chirality_%28chemistry%29 +
, http://dbpedia.org/resource/Biotin +
, http://dbpedia.org/resource/DNA +
, http://dbpedia.org/resource/Aptamer +
, http://dbpedia.org/resource/Category:Catalysts +
, http://dbpedia.org/resource/Deep_sequencing +
, http://dbpedia.org/resource/Calcium +
, http://dbpedia.org/resource/Ribozyme +
|
| http://dbpedia.org/property/wikiPageUsesTemplate
|
http://dbpedia.org/resource/Template:MeshName +
, http://dbpedia.org/resource/Template:Reflist +
, http://dbpedia.org/resource/Template:Annotated_link +
, http://dbpedia.org/resource/Template:Nucleic_acids +
, http://dbpedia.org/resource/Template:Main +
, http://dbpedia.org/resource/Template:Short_description +
|
| http://purl.org/dc/terms/subject
|
http://dbpedia.org/resource/Category:Chemical_kinetics +
, http://dbpedia.org/resource/Category:Enzymes +
, http://dbpedia.org/resource/Category:Catalysts +
, http://dbpedia.org/resource/Category:Biomolecules +
, http://dbpedia.org/resource/Category:DNA +
|
| http://purl.org/linguistics/gold/hypernym
|
http://dbpedia.org/resource/Oligonucleotides +
|
| http://www.w3.org/2004/02/skos/core#closeMatch
|
http://www.springernature.com/scigraph/things/subjects/catalytic-dna +
|
| http://www.w3.org/ns/prov#wasDerivedFrom
|
http://en.wikipedia.org/wiki/Deoxyribozyme?oldid=1096083266&ns=0 +
|
| http://xmlns.com/foaf/0.1/depiction
|
http://commons.wikimedia.org/wiki/Special:FilePath/17E_%28Pb2%2B-selective%29_DNAzyme.png +
|
| http://xmlns.com/foaf/0.1/isPrimaryTopicOf
|
http://en.wikipedia.org/wiki/Deoxyribozyme +
|
| owl:sameAs |
http://pl.dbpedia.org/resource/Deoksyrybozymy +
, http://fr.dbpedia.org/resource/DNAzyme +
, http://da.dbpedia.org/resource/Deoxyribozym +
, http://yago-knowledge.org/resource/Deoxyribozyme +
, http://dbpedia.org/resource/Deoxyribozyme +
, https://global.dbpedia.org/id/4iTY8 +
, http://ar.dbpedia.org/resource/%D8%B1%D9%8A%D8%A8%D9%88%D8%B2%D9%8A%D9%85_%D9%85%D9%86%D8%B2%D9%88%D8%B9_%D8%A7%D9%84%D8%A3%D9%83%D8%B3%D8%AC%D9%8A%D9%86 +
, http://www.wikidata.org/entity/Q5260078 +
, http://rdf.freebase.com/ns/m.065zmv +
, http://sr.dbpedia.org/resource/Dezoksiribozim +
, http://sh.dbpedia.org/resource/Dezoksiribozim +
|
| rdfs:comment |
Deoxyribozymes, also called DNA enzymes, D … Deoxyribozymes, also called DNA enzymes, DNAzymes, or catalytic DNA, are DNA oligonucleotides that are capable of performing a specific chemical reaction, often but not always catalytic. This is similar to the action of other biological enzymes, such as proteins or ribozymes (enzymes composed of RNA).However, in contrast to the abundance of protein enzymes in biological systems and the discovery of biological ribozymes in the 1980s,there is only little evidence for naturally occurring deoxyribozymes.Deoxyribozymes should not be confused with DNA aptamers which are oligonucleotides that selectively bind a target ligand, but do not catalyze a subsequent chemical reaction.t catalyze a subsequent chemical reaction.
, الريبوزيمات منزوعة الأكسجين (بالإنجليزية: … الريبوزيمات منزوعة الأكسجين (بالإنجليزية: Deoxyribozymes) وتسمى كذلك إنزيمات الدنا، دنازيمات أو حفاز الدنا، هي قليلات نوكليوتيد قادرة على أداء تفاعل كيميائي محدد وغالبا ما يكون تحفيزيا. وهي مماثلة في عملها للإنزيمات البيولوجية الأخرى مثل البروتينات والريبوزيمات (إنزيمات مكونة من الرنا). لكن عكس وفرة الإنزيمات البروتينية في الأنظمة البيولوجية واكتشاف الريبوزيمات البيولوجية في عقد 1980، لا توجد ريبوزيمات منزوعة الأكسجين معروفة طبيعية الظهور. لا يجب خلط الريبوزيمات منزوعة الأكسجين مع أبتمرات الدنا وهي قليلات نوكليوتيد ترتبط بشكل اختياري مع ربيطةٍ هدفٍ لكنها لا تحفز العملية الكيميائية التي تتلو الترابط.تحفز العملية الكيميائية التي تتلو الترابط.
, Les DNAzymes, ou DNA enzyme ou déoxyribozyme, sont de courtes chaines d'ADN monobrins, synthétisées in vitro et utilisées en tant qu'outils de recherche ou en tant que futurs médicaments.
, Deoksyrybozymy – jednoniciowe fragmenty DN … Deoksyrybozymy – jednoniciowe fragmenty DNA o długości około kilkudziesięciu nukleotydów, mające zdolność katalizowania reakcji chemicznych. W większości substratami dla DNA enzymów są kwasy nukleinowe, gdzie mamy do czynienia z reakcjami cięcia (poprzez hydrolizę bądź transestryfikację) lub ligacji. Nie wyczerpuje to jednak wszystkich możliwości. Znane są deoksyrybozymy mające zdolność modyfikacji aminokwasów, wykazując aktywność fosfatazy oraz kinazy, jak również takie, które sprzyjają reakcji tworzenia wiązania pomiędzy dwoma atomami węgla (reakcja Dielsa-Aldera). Ciekawym przykładem katalitycznych możliwości DNA jest zdolność użycia światła do naprawy (rozbicia) dimerów pirymidynowych, powstających na skutek ekspozycji na promieniowanie UV. W przeciwieństwie do fotoliaz, analogicznych rzeciwieństwie do fotoliaz, analogicznych
|
| rdfs:label |
Deoksyrybozymy
, Deoxyribozyme
, ريبوزيم منزوع الأكسجين
, DNAzyme
|
