| http://dbpedia.org/ontology/abstract
|
En bio-informatique, l'assemblage consiste … En bio-informatique, l'assemblage consiste à aligner et/ou fusionner des fragments d'ADN ou d'ARN issus d'une plus longue séquence afin de reconstruire la séquence originale. Il s'agit d'une étape d'analyse in silico qui succède au séquençage de l'ADN ou de l'ARN d'un organisme unique, d'une colonie de clones (bactériens par exemple), ou encore d'un mélange complexe d'organismes. Le problème de l'assemblage peut être comparé à celui de la reconstruction du texte d'un livre à partir de plusieurs copies de celui-ci, préalablement déchiquetées en petits morceaux.lablement déchiquetées en petits morceaux.
, En bioinformática, el montaje o ensamblaje … En bioinformática, el montaje o ensamblaje de secuencias se refiere al alineamiento y mezcla de múltiples fragmentos de una secuencia de ADN mucho mayor para reconstruir la secuencia original. Normalmente los fragmentos cortos provienen de secuenciación "por perdigonada" (shotgun) de ADN genómico, o de transcripción genética (ESTs, o marcadores de secuencia expresada). La primera generación de montadores de secuencias empezaron a aparecer en los últimos 80 y primeros 90 del siglo XX, para reconstruir las grandes cantidades de fragmentos generadas por . Estos ensambladores de primera generación utilizaban varias estrategias para manejar las secuencias repetitivas y los errores de secuenciación, que podían confundir el ensamblado. Sin embargo, no podían manejar genomas mucho más largos que los de una bacteria (varios millones de bases de ADN), y fueron siendo reemplazados conforme el campo se movía hacia genomas mayores. Los que se relacionan a continuación fueron montadores de primera generación ampliamente usados en los 90 en universidades, instituciones gubernamentales y en la industria:
* Phrap, por Phil Green, de la University de Washington.
* TIGR Assembler, por Granger Sutton, The Institute for Genomic Research.
* CAP3, por Xiaoqiu Huang, del Michigan Technological University. Ensambladores modernos, como DNA Baser, han traído importantes mejoras sobre los de primera generación reduciendo el tiempo necesario para crear un contig desde decenas de minutos a segundos, usando algoritmos de ensamblado inteligente, ensamblado por lotes, y detección automática de calidad y zonas terminales de corte.ca de calidad y zonas terminales de corte.
, En bioinformàtica, l'assemblatge de seqüèn … En bioinformàtica, l'assemblatge de seqüències es refereix a alinear i fusionar fragments curts d'una seqüència d'ADN per tal de reconstruir la seqüència original més llarga. Aquest procés és necessari donat que la tecnologia actual de seqüenciació d'ADN no pot llegir genomes sencers, sinó que llegeix peces petites d'entre 20 i 30000 bases, depenent de la tecnologia. Típicament els fragments curts, anomenats lectures (de l'anglés "reads"), provenen d'un procés de seqüenciació massiva o de l'obtenció de fragments més curts mitjançant la tecnologia EST (de l'anglés Expressed Sequence Tags) El problema de l'assemblatge de seqüències pot ser comparat a agafar moltes còpies d'un llibre, passar cadascuna d'aquestes a través d'una trituradora i intentar reconstruir el llibre original a partir de les paraules resultants. A més de la dificultat òbvia d'aquesta tasca, hi ha alguns assumptes pràctics extres: l'original pot tenir molts paràgrafs repetits, i determinats fragments poden ser modificats durant el triturat i contenir, per tant, errors. A més, en el procés de triturat també poden afegir-se fragments d'un altre llibre donant lloc a un contingut completament irreconeixible. un contingut completament irreconeixible.
, In bioinformatics, sequence assembly refer … In bioinformatics, sequence assembly refers to aligning and merging fragments from a longer DNA sequence in order to reconstruct the original sequence. This is needed as DNA sequencing technology might not be able to 'read' whole genomes in one go, but rather reads small pieces of between 20 and 30,000 bases, depending on the technology used. Typically, the short fragments (reads) result from shotgun sequencing genomic DNA, or gene transcript (ESTs). The problem of sequence assembly can be compared to taking many copies of a book, passing each of them through a shredder with a different cutter, and piecing the text of the book back together just by looking at the shredded pieces. Besides the obvious difficulty of this task, there are some extra practical issues: the original may have many repeated paragraphs, and some shreds may be modified during shredding to have typos. Excerpts from another book may also be added in, and some shreds may be completely unrecognizable.e shreds may be completely unrecognizable.
, Складання геному — процес об'єднання велик … Складання геному — процес об'єднання великої кількості коротких фрагментів ДНК (рідів) у одну або кілька довгих послідовностей (контигів і скаффолдів) з метою відновлення послідовностей ДНК хромосом, з яких виникли ці фрагменти в процесі секвенування. Складання геному є дуже складною обчислювальною задачею, зокрема, ускладненої тим, що геноми часто містять багато однакових повторюваних послідовностей (так звані геномні повтори). Ці повтори можуть мати довжину кілька тисяч нуклеотидів, а також зустрічатися у геномі в тисячі різних місць. Особливо багаті повторами великі геноми рослин і тварин, зокрема й геном людини.и рослин і тварин, зокрема й геном людини.
, Сборка генома — процесс объединения большо … Сборка генома — процесс объединения большого количества коротких фрагментов ДНК (ридов) в одну или несколько длинных последовательностей (контигов и скаффолдов) в целях восстановления последовательностей ДНК хромосом, из которых возникли эти фрагменты в процессе секвенирования. Сборка генома является очень сложной вычислительной задачей, в частности, осложнённой тем, что геномы часто содержат большое количество одинаковых повторяющихся последовательностей (так называемые геномные повторы). Эти повторы могут быть длиной в несколько тысяч нуклеотидов, а также встречаться в тысяче различных мест в геноме. Особенно богаты повторами большие геномы растений и животных, в том числе геном человека.ий и животных, в том числе геном человека.
, 配列アセンブリング（はいれつアセンブリング）とは、バイオインフォマティクスにおいて短いDNAの断片から元の長い塩基配列を再構築することを指す。DNAシーケンシングでは用いる手法にもよるが一度に読める長さは20から1000残基にとどまるため、この技術はそれより長い塩基配列の決定には不可欠の技術である。 また、このようなアセンブリングを行うプログラムのことをアセンブラと呼ぶ。
, 序列組裝（Sequence assembly）是生物資訊學中的一種分析方法。此方法通 … 序列組裝（Sequence assembly）是生物資訊學中的一種分析方法。此方法通過序列比對和序列合併等演算，將短片段的DNA建構成為較長的連續序列。此技術的創立，是因為被測序的核酸分子通常長度都遠大於目前存在的DNA測序技術。而此分析能試圖從有限長度的DNA測序結果，重建出原本被測序分子的樣貌。 序列組裝最常被使用在高通量測序資料的分析上（例如基因組霰彈槍定序，或者RNA轉錄體測序）。這一類的測序技術會產生大量的測序片段（read，複數reads），而這些片段的長度依照不同的技術，短為數十，長可至上萬個鹼基對（前者如Illumina的定序平台，後者如的或奈米孔洞測序）。而序列組裝旨在合併這些短片段來重建原本的分子序列。 我們可將序列組裝想像成從大量片段的文字中拼湊出一整篇文章的過程：被測序的分子就是那篇文章，而測序片段就是那段文章中，隨機切取出來的句子。其中一種重建出這段文章的方式，就是找到句子中重疊的部分，因為一旦找到夠多重疊的部分，我們就有機會將每個句子連接到一起，進而得到原始的文章。不難想像，此過程的困難不僅僅在於需要進行大量的片段比對，還會因原本文章的複雜度而製造更多問題：例如原本的文章可能有許多重復的段落，而帶有這些重複段落的文句可能會重疊在一起；又或者我們所拿到的句子中若有錯別字，亦會增加尋找重疊片段的難度。同樣的問題也同樣存在於生物資訊的序列組裝分析裡。錯別字，亦會增加尋找重疊片段的難度。同樣的問題也同樣存在於生物資訊的序列組裝分析裡。
|
| http://dbpedia.org/ontology/thumbnail
|
http://commons.wikimedia.org/wiki/Special:FilePath/Seqassemble.png?width=300 +
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageExternalLink
|
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ +
, https://samtools.github.io +
, https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/ +
, http://cab.spbu.ru/software/spades/ +
, https://github.com/salvocamiolo/LoReTTA/releases/tag/v0.1 +
, https://github.com/lh3/minimap2 +
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageID
|
477989
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageLength
|
20585
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageRevisionID
|
1110683499
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageWikiLink
|
http://dbpedia.org/resource/Plasmids +
, http://dbpedia.org/resource/Oxford_Nanopore_Technologies +
, http://dbpedia.org/resource/Housekeeping_gene +
, http://dbpedia.org/resource/Cluster_computing +
, http://dbpedia.org/resource/Newbler +
, http://dbpedia.org/resource/Drosophila_melanogaster +
, http://dbpedia.org/resource/454_Life_Sciences +
, http://dbpedia.org/resource/Terabytes +
, http://dbpedia.org/resource/Chain_termination_method +
, http://dbpedia.org/resource/Applied_Biosystems +
, http://dbpedia.org/resource/Shotgun_sequencing +
, http://dbpedia.org/resource/Open-source_software +
, http://dbpedia.org/resource/De_novo_transcriptome_assembly +
, http://dbpedia.org/resource/DNA +
, http://dbpedia.org/resource/Illumina_%28company%29 +
, http://dbpedia.org/resource/Pyrosequencing +
, http://dbpedia.org/resource/Single-nucleotide_polymorphism +
, http://dbpedia.org/resource/Category:DNA_sequencing_methods +
, http://dbpedia.org/resource/Third-generation_sequencing +
, http://dbpedia.org/resource/SMRT_sequencing +
, http://dbpedia.org/resource/Hybrid_genome_assembly +
, http://dbpedia.org/resource/Alternative_splicing +
, http://dbpedia.org/resource/Nanopore_sequencing +
, http://dbpedia.org/resource/ABI_Solid_Sequencing +
, http://dbpedia.org/resource/Command-line_interface +
, http://dbpedia.org/resource/DNA_read_errors +
, http://dbpedia.org/resource/Transcription_%28genetics%29 +
, http://dbpedia.org/resource/Base_calling +
, http://dbpedia.org/resource/Genome_project +
, http://dbpedia.org/resource/Graph_theory +
, http://dbpedia.org/resource/Ion_Torrent +
, http://dbpedia.org/resource/Eukaryotes +
, http://dbpedia.org/resource/DNA_sequencers +
, http://dbpedia.org/resource/Massive_parallel_sequencing +
, http://dbpedia.org/resource/List_of_sequence_alignment_software +
, http://dbpedia.org/resource/Phred_quality_score +
, http://dbpedia.org/resource/K-mer +
, http://dbpedia.org/resource/Category:Bioinformatics +
, http://dbpedia.org/resource/Coverage_%28genetics%29 +
, http://dbpedia.org/resource/List_of_sequenced_animal_genomes +
, http://dbpedia.org/resource/De_Bruijn_sequence +
, http://dbpedia.org/resource/DNA_sequencing +
, http://dbpedia.org/resource/Viruses +
, http://dbpedia.org/resource/Expressed_Sequence_Tag +
, http://dbpedia.org/resource/Post-transcriptional_modification +
, http://dbpedia.org/resource/Illumina%2C_Inc. +
, http://dbpedia.org/resource/Sequence_alignment +
, http://dbpedia.org/resource/Pacific_Biosciences +
, http://dbpedia.org/resource/Pacbio +
, http://dbpedia.org/resource/De_Bruijn_graph +
, http://dbpedia.org/resource/SPAdes_%28software%29 +
, http://dbpedia.org/resource/RNA-Seq +
, http://dbpedia.org/resource/Trans-splicing +
, http://dbpedia.org/resource/File:Types_of_sequencing_assembly.png +
, http://dbpedia.org/resource/Microfluidic_Sanger_Sequencing +
, http://dbpedia.org/resource/Messenger_RNA +
, http://dbpedia.org/resource/Cloning_vectors +
, http://dbpedia.org/resource/File:Seqassemble.png +
, http://dbpedia.org/resource/Bioinformatics +
, http://dbpedia.org/resource/Set_cover_problem +
, http://dbpedia.org/resource/Bacteria +
, http://dbpedia.org/resource/Comparative_genomics +
, http://dbpedia.org/resource/Genome +
, http://dbpedia.org/resource/Long-read_sequencing +
, http://dbpedia.org/resource/Samtools +
, http://dbpedia.org/resource/De_novo_sequence_assemblers +
, http://dbpedia.org/resource/Expressed_sequence_tag +
|
| http://dbpedia.org/property/wikiPageUsesTemplate
|
http://dbpedia.org/resource/Template:More_citations_needed +
, http://dbpedia.org/resource/Template:Reflist +
, http://dbpedia.org/resource/Template:Explain +
|
| http://purl.org/dc/terms/subject
|
http://dbpedia.org/resource/Category:DNA_sequencing_methods +
, http://dbpedia.org/resource/Category:Bioinformatics +
|
| http://www.w3.org/2004/02/skos/core#broadMatch
|
http://www.springernature.com/scigraph/things/subjects/genome-assembly-algorithms +
|
| http://www.w3.org/ns/prov#wasDerivedFrom
|
http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_assembly?oldid=1110683499&ns=0 +
|
| http://xmlns.com/foaf/0.1/depiction
|
http://commons.wikimedia.org/wiki/Special:FilePath/Types_of_sequencing_assembly.png +
, http://commons.wikimedia.org/wiki/Special:FilePath/Seqassemble.png +
|
| http://xmlns.com/foaf/0.1/isPrimaryTopicOf
|
http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_assembly +
|
| owl:sameAs |
http://zh.dbpedia.org/resource/%E5%BA%8F%E5%88%97%E7%B5%84%E8%A3%9D +
, http://ca.dbpedia.org/resource/Assemblatge_de_seq%C3%BC%C3%A8ncies +
, http://ja.dbpedia.org/resource/%E9%85%8D%E5%88%97%E3%82%A2%E3%82%BB%E3%83%B3%E3%83%96%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0 +
, http://fr.dbpedia.org/resource/Assemblage_%28bio-informatique%29 +
, http://rdf.freebase.com/ns/m.02f9yz +
, http://es.dbpedia.org/resource/Montaje_de_secuencias +
, http://ru.dbpedia.org/resource/%D0%A1%D0%B1%D0%BE%D1%80%D0%BA%D0%B0_%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%BE%D0%BC%D0%B0 +
, http://www.wikidata.org/entity/Q740578 +
, https://global.dbpedia.org/id/4v2AG +
, http://uk.dbpedia.org/resource/%D0%A1%D0%BA%D0%BB%D0%B0%D0%B4%D0%B0%D0%BD%D0%BD%D1%8F_%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%BE%D0%BC%D1%83 +
, http://fa.dbpedia.org/resource/%D8%A8%D8%A7%D8%B2%D8%B3%D8%A7%D8%B2%DB%8C_%D8%AA%D9%88%D8%A7%D9%84%DB%8C +
, http://dbpedia.org/resource/Sequence_assembly +
|
| rdfs:comment |
En bio-informatique, l'assemblage consiste … En bio-informatique, l'assemblage consiste à aligner et/ou fusionner des fragments d'ADN ou d'ARN issus d'une plus longue séquence afin de reconstruire la séquence originale. Il s'agit d'une étape d'analyse in silico qui succède au séquençage de l'ADN ou de l'ARN d'un organisme unique, d'une colonie de clones (bactériens par exemple), ou encore d'un mélange complexe d'organismes. Le problème de l'assemblage peut être comparé à celui de la reconstruction du texte d'un livre à partir de plusieurs copies de celui-ci, préalablement déchiquetées en petits morceaux.lablement déchiquetées en petits morceaux.
, 序列組裝（Sequence assembly）是生物資訊學中的一種分析方法。此方法通 … 序列組裝（Sequence assembly）是生物資訊學中的一種分析方法。此方法通過序列比對和序列合併等演算，將短片段的DNA建構成為較長的連續序列。此技術的創立，是因為被測序的核酸分子通常長度都遠大於目前存在的DNA測序技術。而此分析能試圖從有限長度的DNA測序結果，重建出原本被測序分子的樣貌。 序列組裝最常被使用在高通量測序資料的分析上（例如基因組霰彈槍定序，或者RNA轉錄體測序）。這一類的測序技術會產生大量的測序片段（read，複數reads），而這些片段的長度依照不同的技術，短為數十，長可至上萬個鹼基對（前者如Illumina的定序平台，後者如的或奈米孔洞測序）。而序列組裝旨在合併這些短片段來重建原本的分子序列。 我們可將序列組裝想像成從大量片段的文字中拼湊出一整篇文章的過程：被測序的分子就是那篇文章，而測序片段就是那段文章中，隨機切取出來的句子。其中一種重建出這段文章的方式，就是找到句子中重疊的部分，因為一旦找到夠多重疊的部分，我們就有機會將每個句子連接到一起，進而得到原始的文章。不難想像，此過程的困難不僅僅在於需要進行大量的片段比對，還會因原本文章的複雜度而製造更多問題：例如原本的文章可能有許多重復的段落，而帶有這些重複段落的文句可能會重疊在一起；又或者我們所拿到的句子中若有錯別字，亦會增加尋找重疊片段的難度。同樣的問題也同樣存在於生物資訊的序列組裝分析裡。錯別字，亦會增加尋找重疊片段的難度。同樣的問題也同樣存在於生物資訊的序列組裝分析裡。
, Сборка генома — процесс объединения большо … Сборка генома — процесс объединения большого количества коротких фрагментов ДНК (ридов) в одну или несколько длинных последовательностей (контигов и скаффолдов) в целях восстановления последовательностей ДНК хромосом, из которых возникли эти фрагменты в процессе секвенирования.и эти фрагменты в процессе секвенирования.
, En bioinformàtica, l'assemblatge de seqüèn … En bioinformàtica, l'assemblatge de seqüències es refereix a alinear i fusionar fragments curts d'una seqüència d'ADN per tal de reconstruir la seqüència original més llarga. Aquest procés és necessari donat que la tecnologia actual de seqüenciació d'ADN no pot llegir genomes sencers, sinó que llegeix peces petites d'entre 20 i 30000 bases, depenent de la tecnologia. Típicament els fragments curts, anomenats lectures (de l'anglés "reads"), provenen d'un procés de seqüenciació massiva o de l'obtenció de fragments més curts mitjançant la tecnologia EST (de l'anglés Expressed Sequence Tags) EST (de l'anglés Expressed Sequence Tags)
, 配列アセンブリング（はいれつアセンブリング）とは、バイオインフォマティクスにおいて短いDNAの断片から元の長い塩基配列を再構築することを指す。DNAシーケンシングでは用いる手法にもよるが一度に読める長さは20から1000残基にとどまるため、この技術はそれより長い塩基配列の決定には不可欠の技術である。 また、このようなアセンブリングを行うプログラムのことをアセンブラと呼ぶ。
, Складання геному — процес об'єднання великої кількості коротких фрагментів ДНК (рідів) у одну або кілька довгих послідовностей (контигів і скаффолдів) з метою відновлення послідовностей ДНК хромосом, з яких виникли ці фрагменти в процесі секвенування.
, In bioinformatics, sequence assembly refer … In bioinformatics, sequence assembly refers to aligning and merging fragments from a longer DNA sequence in order to reconstruct the original sequence. This is needed as DNA sequencing technology might not be able to 'read' whole genomes in one go, but rather reads small pieces of between 20 and 30,000 bases, depending on the technology used. Typically, the short fragments (reads) result from shotgun sequencing genomic DNA, or gene transcript (ESTs).ng genomic DNA, or gene transcript (ESTs).
, En bioinformática, el montaje o ensamblaje … En bioinformática, el montaje o ensamblaje de secuencias se refiere al alineamiento y mezcla de múltiples fragmentos de una secuencia de ADN mucho mayor para reconstruir la secuencia original. Normalmente los fragmentos cortos provienen de secuenciación "por perdigonada" (shotgun) de ADN genómico, o de transcripción genética (ESTs, o marcadores de secuencia expresada).
* Phrap, por Phil Green, de la University de Washington.
* TIGR Assembler, por Granger Sutton, The Institute for Genomic Research.
* CAP3, por Xiaoqiu Huang, del Michigan Technological University.ng, del Michigan Technological University.
|
| rdfs:label |
Montaje de secuencias
, Assemblage (bio-informatique)
, 配列アセンブリング
, Складання геному
, Сборка генома
, Assemblatge de seqüències
, 序列組裝
, Sequence assembly
|
