| http://dbpedia.org/ontology/abstract
|
In bioinformatics, alignment-free sequence … In bioinformatics, alignment-free sequence analysis approaches to molecular sequence and structure data provide alternatives over alignment-based approaches. The emergence and need for the analysis of different types of data generated through biological research has given rise to the field of bioinformatics. Molecular sequence and structure data of DNA, RNA, and proteins, gene expression profiles or microarray data, metabolic pathway data are some of the major types of data being analysed in bioinformatics. Among them sequence data is increasing at the exponential rate due to advent of next-generation sequencing technologies. Since the origin of bioinformatics, sequence analysis has remained the major area of research with wide range of applications in database searching, genome annotation, comparative genomics, molecular phylogeny and gene prediction. The pioneering approaches for sequence analysis were based on sequence alignment either global or local, pairwise or multiple sequence alignment. Alignment-based approaches generally give excellent results when the sequences under study are closely related and can be reliably aligned, but when the sequences are divergent, a reliable alignment cannot be obtained and hence the applications of sequence alignment are limited. Another limitation of alignment-based approaches is their computational complexity and are time-consuming and thus, are limited when dealing with large-scale sequence data. The advent of next-generation sequencing technologies has resulted in generation of voluminous sequencing data. The size of this sequence data poses challenges on alignment-based algorithms in their assembly, annotation and comparative studies.embly, annotation and comparative studies.
, في المعلوماتية الحيوية، طرق تحليل التسلسلا … في المعلوماتية الحيوية، طرق تحليل التسلسلات الخالية من المحاذاة إلى تسلسلات جزيئية وبيانات مهيكلة تقدم بدائل عن طرق التسلسلات التي تعتمد على المحاذاةالانبثاق والحاجة لتحليل أنواع مختلفة من البيانات تولدت عن طريق البحوث الحيوية، قدمت نهوضا في مجال المعلومات الحيوية. التسلسلات الجزيئية والبيانات المهيكلة حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين، حمض نووي ريبوزي، وبروتين، جوانب تعبير جيني أو بيانات المصفوفة الدقيقة للاحماض النووية، مسار أيضي (الايض الاستقلابي) هي بعض الانواع الاساسية للبيانات التي تم تحليلها في المعلومات الحيوية. فيما بينهم، بيانات التسلسلات تزيد بمعدل متسارع وذلك يعود إلى ظهور الجيل التالي من تقنيات التسلسل. منذ نشأة المعلومات الحيوية، ظل تحليل التسلسلات مجال البحث الرئيسي مع تطبيقات واسعة المدى في تحليل قواعد البيانات، التعليقات التوضيحية للجينوم، علم الجينوم المقارن، نسالة جزيئية (علم الوراثة الجزيئي), تنبؤ بالمورثات الجيني. الطرق الرائدة لتحليل التسلسلات تعتمد على تسلسلات المحاذاة سواء كانت عالمية أو محلية، زوجية أو متعددة. الطرق التي تعتمد على المحاذاة تقدم نتائج ممتازه بشكل عام عندما تكون التسلسلات قيد الدراسة وثيقة الصلة ويمكن محاذاتها بشكل موثوق، ولكن عندما تكون التسلسلات متباينة، لن نتمكن من الحصول على محاذاة موثوقة وبالتالي تطبيقات تسلسلات المحاذاة تكون محدودة. سلبية أخرى للتسلسلات التي تعتمد على المحاذاة هي تعقيقداتها الحسابية واستهلاكها للوقت وبالتالي يقل استخدامها عند التعامل مع بيانات تسلسل واسعة النطاق. نتج عن ظهور الجيل التالي من تقنيات التسلسل توليد بيانات تسلسلات ضخمة.حجم هذه البيانات يفرض تحديات على خوارزميات التسلسلات التي تعتمد على المحاذاة من خلال تجميعها، توضيحها (بوضع ملاحظات), مقارنتها مع دراسات مشابهه.(بوضع ملاحظات), مقارنتها مع دراسات مشابهه.
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageExternalLink
|
http://ddg-pharmfac.net/AllergenFP/ +
, http://tlife.fudan.edu.cn/cvtree/ +
, https://github.com/usm/usm.github.com/wiki%2C%3Cref +
, https://yadamp.unisa.it/PROTCOMP +
, https://github.com/yhg926/co-phylog +
, https://github.com/jschellh/ProtSpaM +
, https://github.com/smortezah/smashpp +
, https://usm.github.io +
, http://gscompare.ehu.eus/ +
, http://guanine.evolbio.mpg.de/alfy/ +
, http://acb.qfab.org/acb/decaf%2Bpy/ +
, http://sourceforge.net/projects/ffp-phylogeny/ +
, https://web.archive.org/web/20140109135217/http:/www.herbbol.org:8000/agp +
, http://sourceforge.net/projects/ksnp/ +
, http://bioinfo.net.in/RTD/home.html +
, http://bioinformatics.ua.pt/software/smash/ +
, https://www.qiagenbioinformatics.com/products/clc-microbial-genomics-module/ +
, http://kmacs.gobics.de/ +
, http://spaced.gobics.de/ +
, http://fswm.gobics.de/ +
, https://code.google.com/p/d2-tools/ +
, http://comet.lih.lu/ +
, http://github.com/DerrickWood/kraken2 +
, http://github.com/pratas/falcon +
, http://guanine.evolbio.mpg.de/rush/ +
, https://github.com/cobilab/eagle +
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageID
|
40646055
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageLength
|
56977
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageRevisionID
|
1116418946
|
| http://dbpedia.org/ontology/wikiPageWikiLink
|
http://dbpedia.org/resource/Recombination_detection_program +
, http://dbpedia.org/resource/Jaccard_index +
, http://dbpedia.org/resource/Jensen%E2%80%93Shannon_divergence +
, http://dbpedia.org/resource/Genome_annotation +
, http://dbpedia.org/resource/Gene_mapping +
, http://dbpedia.org/resource/Sequence_alignment +
, http://dbpedia.org/resource/Pearson_correlation_coefficient +
, http://dbpedia.org/resource/Markov_model +
, http://dbpedia.org/resource/Microarray +
, http://dbpedia.org/resource/MapReduce +
, http://dbpedia.org/resource/Distance_matrix +
, http://dbpedia.org/resource/Comparative_genomics +
, http://dbpedia.org/resource/Computer_science +
, http://dbpedia.org/resource/Bioinformatics +
, http://dbpedia.org/resource/Population_genetics +
, http://dbpedia.org/resource/Mutations +
, http://dbpedia.org/resource/Genome_skimming +
, http://dbpedia.org/resource/SNPs +
, http://dbpedia.org/resource/Longest_common_substring_problem +
, http://dbpedia.org/resource/Phylogenetic_tree +
, http://dbpedia.org/resource/Next-generation_sequencing +
, http://dbpedia.org/resource/Chaos_game +
, http://dbpedia.org/resource/Information_Theory +
, http://dbpedia.org/resource/Semantic_similarity +
, http://dbpedia.org/resource/Standard_deviation +
, http://dbpedia.org/resource/Sequence_analysis +
, http://dbpedia.org/resource/Information_distance +
, http://dbpedia.org/resource/UPGMA +
, http://dbpedia.org/resource/Mean +
, http://dbpedia.org/resource/Mutual_information +
, http://dbpedia.org/resource/Suffix_tree +
, http://dbpedia.org/resource/Category:Bioinformatics +
, http://dbpedia.org/resource/Gene_prediction +
, http://dbpedia.org/resource/Gene_expression +
, http://dbpedia.org/resource/Category:Computational_biology +
, http://dbpedia.org/resource/Multiple_sequence_alignment +
, http://dbpedia.org/resource/Euclidean_distance +
, http://dbpedia.org/resource/Molecular_phylogeny +
, http://dbpedia.org/resource/Metabolic_pathway +
, http://dbpedia.org/resource/Proteins +
, http://dbpedia.org/resource/Metagenomics +
, http://dbpedia.org/resource/Longest_common_substring +
, http://dbpedia.org/resource/Cosine_distance +
, http://dbpedia.org/resource/Correction_term +
, http://dbpedia.org/resource/Lempel-Ziv_complexity +
, http://dbpedia.org/resource/Neighbor-joining +
, http://dbpedia.org/resource/Information_correlation +
, http://dbpedia.org/resource/Kolmogorov_complexity +
, http://dbpedia.org/resource/Similarity_measure +
, http://dbpedia.org/resource/RNA +
, http://dbpedia.org/resource/Variance +
, http://dbpedia.org/resource/DNA +
, http://dbpedia.org/resource/Phylogenomics +
|
| http://dbpedia.org/property/wikiPageUsesTemplate
|
http://dbpedia.org/resource/Template:Reflist +
, http://dbpedia.org/resource/Template:Not_a_typo +
, http://dbpedia.org/resource/Template:Cite_journal +
|
| http://purl.org/dc/terms/subject
|
http://dbpedia.org/resource/Category:Bioinformatics +
, http://dbpedia.org/resource/Category:Computational_biology +
|
| http://www.w3.org/ns/prov#wasDerivedFrom
|
http://en.wikipedia.org/wiki/Alignment-free_sequence_analysis?oldid=1116418946&ns=0 +
|
| http://xmlns.com/foaf/0.1/isPrimaryTopicOf
|
http://en.wikipedia.org/wiki/Alignment-free_sequence_analysis +
|
| owl:sameAs |
http://ar.dbpedia.org/resource/%D8%A7%D9%84%D8%AA%D8%B3%D9%84%D8%B3%D9%84_%D8%A7%D9%84%D8%AE%D8%A7%D9%84%D9%8A_%D9%85%D9%86_%D8%A7%D9%84%D9%85%D8%AD%D8%A7%D8%B0%D8%A7%D8%A9 +
, https://global.dbpedia.org/id/cuin +
, http://www.wikidata.org/entity/Q16335137 +
, http://dbpedia.org/resource/Alignment-free_sequence_analysis +
, http://rdf.freebase.com/ns/m.0xn_nxz +
|
| rdfs:comment |
في المعلوماتية الحيوية، طرق تحليل التسلسلا … في المعلوماتية الحيوية، طرق تحليل التسلسلات الخالية من المحاذاة إلى تسلسلات جزيئية وبيانات مهيكلة تقدم بدائل عن طرق التسلسلات التي تعتمد على المحاذاةالانبثاق والحاجة لتحليل أنواع مختلفة من البيانات تولدت عن طريق البحوث الحيوية، قدمت نهوضا في مجال المعلومات الحيوية. التسلسلات الجزيئية والبيانات المهيكلة حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين، حمض نووي ريبوزي، وبروتين، جوانب تعبير جيني أو بيانات المصفوفة الدقيقة للاحماض النووية، مسار أيضي (الايض الاستقلابي) هي بعض الانواع الاساسية للبيانات التي تم تحليلها في المعلومات الحيوية. فيما بينهم، بيانات التسلسلات تزيد بمعدل متسارع وذلك يعود إلى ظهور الجيل التالي من تقنيات التسلسل. منذ نشأة المعلومات الحيوية، ظل تحليل التسلسلات مجال البحث الرئيسي مع تطبيقات واسعة المدى في تحليل قواعد البيانات، التعليقات التوضيحية للجينوم، علم الجينوم المقارن، نسالة جزيئية (عينوم، علم الجينوم المقارن، نسالة جزيئية (ع
, In bioinformatics, alignment-free sequence … In bioinformatics, alignment-free sequence analysis approaches to molecular sequence and structure data provide alternatives over alignment-based approaches. The emergence and need for the analysis of different types of data generated through biological research has given rise to the field of bioinformatics. Molecular sequence and structure data of DNA, RNA, and proteins, gene expression profiles or microarray data, metabolic pathway data are some of the major types of data being analysed in bioinformatics. Among them sequence data is increasing at the exponential rate due to advent of next-generation sequencing technologies. Since the origin of bioinformatics, sequence analysis has remained the major area of research with wide range of applications in database searching, genome annotations in database searching, genome annotation
|
| rdfs:label |
Alignment-free sequence analysis
, التسلسل الخالي من المحاذاة
|
